Всем привет! Кто может подсказать как сделать чтоб приложение работало в свернутом окне и выполняло действия мышью и клавиатурой? Сам скрипт на выполнение действий есть, надо как-то сделать чтобы в свернутом окне он работал.

Про свёрнутое лучше сразу забыть. В свёрнутые окна можно только нажатия клавы посылать. В редких случаях мышь сработает. Изображение с него не получить.
Окно можно перекрывать, сдвигать за пределы экрана, переместить на другой рабочий стол (win10, win+tab), сделать окно невидимым (transparency). Выбирайте что больше подходит.
При получений цвета или поиске картинки в параметрах функций надо указывать окно.
Вместо mouse использовать sendmouse. Вместо key sendkey.