Столкнулся с одной проблемой, обманываемая игруха генерирует окна внутри себя, в результате не всегда удается поиском findimage найти картинку, потому как неизвестно в каком из новых контролов она находится.
Можно ли как-нибудь сделать "принтскрин" с окна и сравнивать изображения уже в памяти компьютера?

Не всегда находит воспользуйся расширенным findimage.
Вопрос немного непонятен. какая игра.

Да просто работайте с экраном и все. Вместо указателя на окно -1.
Ну а область поиска ограничьте окном - координатами.

Ну а вообще то решений куча если надо указатель. Если это действительно окна... то можно получать указатель на них с getwindow

Скрин тут делать - screen
Но думаю он не нужен тут...

Самой простое работать просто с экраном.