Здравствуйте, подскажите пожалуйста, если я компелирую exe файл своего кода и выставляю настройrу запускать скрипт с запуском exe (а в моем коде все координаты привязаны к окну игры), то как мне быть, ведь exe запускается с рабочего стола и начинает работать по экранным координатам

Не важно откуда он запускается.

Это два взаимоисключающих утверждения.