Попатчил оригинальный ексешник с именем как notepad++ (+ некоторое описание). Ексешник удалил. После недавнего обновления при запуске оригинального кибор пишет что требуется новая версия и уходит в ребут. После ребута открывает сам notepad++ (блокнот). Оригинальный ексешник не может обновиться, тот что под именем нотепад снова создается
(Добавление)
Удалил notepad++ проблема осталась. Ексешник с этим именем пропатчить обратно не получается т.к пишет что требуется запуск от имени администратора (хотя запуск идет от админа)

? Что удалили?
Дальнейшее после удаленного exe не ясно.
(Добавление)
Ничего не может повлиять на ход.

Если заново скачанный Кибор не удается пропатчить, то у вам не дает винда что то сделать.
Все что до этого делали не влияет.

В папке лежит пропатченный .exe с именем notepad++. Запускаю оригинальный .exe, он требует обновления, нажимаю "Ок", он закрывается и запускается программа notepad++. Закрываю notepad++, удаляю пропатченный .exe с именем notepad++ и программу notepad++.
Запускаю оригинальный .exe, он требует обновления, нажимаю "Ок", он закрывается и запускается пропатченный .exe с именем notepad++ (хотя я его удалил). В папке опять лежит пропатченный .exe с именем notepad++

И правильно.

Когда вы Кибор патчили все уже относится к вашему патчу, а не к оригинальному exe.
В этом вообще то и смысл патча.
И вообще оригинал должен был удалиться.
Короче.. Или пользуйтесь патчем или скачайте заново Кибор и удалите папку с патчем.
(Добавление)

А это вообще странно.. У вас нотепад не в папке с Кибор?

Проверьте другое имя.

Почистил папку, перекачал .exe, теперь работает корректно. Попробовал пропатчить, тоже все нормально.

Старый пропатченный .exe запускал от имени администратора, но пропатчить он себя не давал т.к писал "запускайте от админа". notepad++ на тот момент был не в папке с кибором