Не знаю из за последнего обновления или нет, но теперь у меня был к примеру открыт скрипт, я создал новую вкладку, старую вкладку закрыл с основным скриптом, написал пару строк, нажал компилировать exe , мне в него все ресурсы что были в закрытой вкладке запихнулись.

ivantu ,
Не замечено.
Если во втором скрипте нет блока ресурсы, то вообще пишет нет блока если галку поставить.
Если есть, то в сообщение только его ресурсы пакует.
Подробно опишите действия. Очень подробно.
Тесты не выявили ничего подобного.

Странно, пытался несколько раз повторить ситуацию, такого больше не возникало... буду тестировать дальше.

ivantu , Тоже самое)
(Добавление)
Ой, всмысле у меня не получилось повторить такую дичь)