Как правильно наладить общение между программами, например мне надо чтобы когда на экране появился пиксель, программа 1.exe отправляла команду в программу 2.exe о том что нужно остановиться. После того как пиксель исчез она отправляла команду продолжить.

Полагаю за 2 недели никто не ответил, так как в вашем примере не понятно зачем все это нужно. Можно ведь использовать цикл for или тот же таймер. А если уж сильно захочется, то общение между 2 программами можно реализовать через прослушку порта (но это скорее про использование 2-х пк). Я бы реализовал через буфер обмена, вариант не слишком сложный и думать почти не нужно)

Обмен данными между программами скриптами и управление одной программой из другой(для просмотра ссылки Вам необходимо авторизоваться)