При создание EXE можно указать параметры распаковки интерпретатора Python при запуске Exe.
Если установить галку "При запуске не распаковывать повторно при наличие папки Python", При наличие папки Python в каталоге с программой, интерпретатор Python повторно распаковываться и перезаписываться не будет.